Ditjen Sumberdaya Iptek dan Dikti menjalankan monitoring dan evaluasi melalui Unit Penjaminan Mutu yang bersifat ad-hoc. Berdasarkan hasil monitoring dan evaluasi terhadap PTPS Unit Penjaminan Mutu memberikan rekomendasi kepada Ditjen Sumberdaya Iptek dan Dikti tentang status PTPS. Rekomendasi dapat berbentuk:
- penugasan kembali untuk terus beroperasi,
- perlu pembinaan, atau
- pembatalan penugasannya.